Alumni biorą udział w zajęciach w WSD Diecezji Bydgoskiej zgodnie z programem studiów teologicznych realizowanych na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu i Wyższego Seminarium Duchownego Zgromadzenia Ducha Świętego. Obydwa seminaria zachowują swoją odrębność prawną, oddzielne władze i formatorów.